Dunant non riprenderà più gli affari se non per finirli in cattiva maniera: aveva diffuso la sua idea senza risparmio di energie e di risorse, a tal punto che si ritrovò nel 1867 completamente rovinato. Il Credito Ginevrino, che aveva finanziato i lavori in Algeria, condusse contro di lui un'azione legale che lo portò al fallimento. La sentenza del tribunale civile di Ginevra comparve in prima pagina sul "Giornale di Ginevra", e lo costrinse alle dimissioni dal Comitato dei Cinque di cui era segretario. Per tutto il resto della vita, Dunant protesterà contro questo giudizio, non cessando di ripetere: "Io non ho ingannato i miei colleghi, sono io che sono stato imbrogliato". Quando nel 1873 si celebrarono i primi dieci anni dell'organizzazione il presidente Gustave Moynier si guardò bene dal menzionare il suo nome.
Per capire meglio cosa volesse dire fallire nella Ginevra di metà '800 valga quanto scritto da Fernand Gigon ne l'avventuriero della carità: "…quando un uomo oltraggia la finanza, per lui non c'è più remissione. La sua rovina morale dura fintanto che gli resta un alito di vita per raccomandarsi a Dio. Calunnia, ostilità accanita, cattiveria, malizia e calcolo, tutto ciò che la Bibbia attribuisce a Satana viene messo in opera contro di lui. A Ginevra la morale è salva fin dove è salva la finanza. All'infuori di questa norma inflessibile, nessuna salvezza. Persino i Pastori chinano la loro teologia davanti allo scudo.''
Malgrado le sue condizioni finanziarie precarie, cerca di continuare il suo lavoro. Ma le sue vicende personali sono ad una svolta. Per lui inizia una vita dura, la miseria e la persecuzione non lo abbandoneranno più fino alla morte.
Lo ritroviamo nel 1872 a Plymouth (Inghilterra) dove presenta una sua relazione sulla condizione e il trattamento dei prigionieri di guerra, che sarà poi soggetto della III Convenzione di Ginevra nel 1929 e un progetto sull'Alta Corte Internazionale di Arbitraggio, ancora oggi argomento di grande attenzione da parte degli stati, dell'ONU, della Croce Rossa e delle organizzazioni umanitarie. Ma si sente male, sviene e confessa di non aver mangiato quasi nulla per diversi giorni.
Seguono 20 anni di buio dei quali non si hanno notizie certe; probabilmente in quel periodo Dunant vive senza fissa dimora, di carità e dell'ospitalità di qualche amico, e addirittura barbone a vagare per le vie di Parigi. A questa estrema povertà facevano da contrappunto progetti sempre più grandi e talora velleitari sollecitati da una passione umanitaria che sembrava divorare il compassato uomo d'affari di una volta. Dunant soffre la fame, dorme nelle sale d'aspetto delle stazioni ferroviarie e sulle panchine dei parchi, fino a chiudersi nella piccola pensione di Heiden, dove dimora per cinque anni.
E' a questo periodo che risale l'intervista di George Baumberger, che diede l'avvio a una vasta campagna europea per la sua riabilitazione. Dunant divenne di nuovo famoso; dopo il lungo periodo di isolamento e oscuramento delle sue idee seguirono, di nuovo, anni di ammirazione e di riconoscimenti per gli indubbi meriti conquistati sul campo dell'azione umanitaria e pacifista. In Germania venne organizzata una sottoscrizione in suo favore; in Russia, mille medici riuniti a congresso gli assegnarono il premio Mosca per i servigi resi in favore dell'umanità sofferente. La zarina gli concesse un vitalizio; la Svizzera decise di soccorrerlo; il Pontefice gli scrisse di suo pugno e innumerevoli istituzioni benefiche ed organismi della Croce Rossa lo nominarono loro membro o Presidente onorario.
Dicembre 1901: il comitato per il Nobel del Parlamento norvegese assegna il primo dei premi Nobel per la pace a Henry Dunant "…per aver fondato la Croce Rossa di cui erano già da alcuni anni membri attivi diversi paesi, tra cui anche l'Impero ottomano", ed a Frédéric Passy (1822-1912) fondatore e presidente della prima società francese di Pace. Il Nobel per la pace venne attribuito successivamente, in svariate occasioni, al Comitato Internazionale della Croce Rossa (CICR) e all'Alto Commissariato delle Nazioni Unite per i Rifugiati, di stanza a Ginevra.
Dunant, ormai ultrasettantenne, stanco e malato, da anni si era trasferito nella camera numero 12 dell'ospizio del paesello sul lago di Costanza. Indifferente alla fama che tornava a bussare alla porta del suo rifugio, si negava ai visitatori illustri e si barricava in casa contro gli intrusi, con una testardaggine pari solo all'entusiasmo giovanile. Scrisse pagine premonitrici sull'avvenire di sangue che attendeva il mondo del XX secolo. Pagine e pagine tormentate in cui ricordi, digressioni, citazioni, polemiche per le ingiustizie sofferte si mescolano a intuizioni intense e profetiche sui futuri disastri della guerra in Europa e sulla società militarista e ipocrita che non potrà fare a meno di generarli. Muore ad Heiden il 30 ottobre 1910.
Una ulteriore testimonianza di grandezza morale la lascia nello scrivere le sue ultime volontà riguardo la propria sepoltura che sarebbe dovuta avvenire in fossa comune, a significare quanto l'Uomo, di per se sia molto piccolo vicino alle sue idee. Nel cimitero di Zurigo c'è un monumento a lui dedicato ma non custodisce i suoi resti umani, poiché l'eredità di Dunant consiste nella continuità del suo pensiero, negli uomini che lo hanno seguito, lo seguono e lo seguiranno.
